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France Université Numerique

Modeling of Infectious Diseases

Institut Pasteur via France Université Numerique

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Overview

Description

Nous vivons dans un monde très connecté, où les maladies infectieuses trouvent des opportunités de se propager à l'échelle mondiale comme jamais auparavant dans l'histoire de l'humanité. Cela soulève de nouveaux défis en santé publique pour les épidémiologistes, les médecins et les biologistes, engagés dans la prévention et le traitement des maladies infectieuses. Les modèles mathématiques et informatiques peuvent contribuer à cet effort interdisciplinaire et concerté. Ils peuvent faire des prédictions à court terme sur la progression des épidémies, aider à analyser des scénarios sur l'issue de l'épidémie et informer sur l'impact des interventions de santé publique.

Syllabus

Plan de cours

  • Chapitre 1 - Introduction
    • C1-1- Histoire et philosophie de la modélisation mathématique des maladies infectieuses
  • Chapitre 2 - Bases de la modélisation
    • C2-1 Compartmental models and flow diagrams
      C2-2 Intervals of interest in infectious diseases
      C2-3 Modeling multiple strains and cross infections
      C2-4 Mixing models and transmission models
      C2-5 How to write a deterministic model based on a flow diagram?
  • Chapitre 3 - The SIR model
    • C3-1 The SIR model: formulation, analysis, discussion
      C3-2 Estimating R - time dependent
      C3-3 A more complete SIR model
      C3-4 SIR versus practice
  • Chapitre 4 - R0 and its calculation
    • C4-1 R0 and R calculation: a general recipe
      C4-2 Example 1: R0 of the SIR model
      C4-3 Example 2: R0 of the SEIR model
      C4-4 Example 3: R0 for a vector-borne disease model
      C4-5 Example 4: R0 for a 2-patch model for HIV
      C4-6 Estimating R0 and R - exponential growth vide
      C4-7 The R0 review
  • Chapitre 5 - Modelling interventions
    • C5-1 Understanding the effect of interventions
      C5-2 Modeling interventions: A complex example
      C5-3 Interventions: Mask use, prophylaxis, therapy
      C5-4 Interventions: Isolation, quarantine, traffic limitations
      C5-5 All intervention in one model

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